W lidze nastały chude lata dla Interu. Największa zmiana nastąpiła w 1995 roku - prezydenta Ernesto Pellegriniego (szefował od 1984 roku) zastąpił Massimo Moratti - syn Angelo, który prezesował Interowi w czasach wielkiej ery lat 60. Młodszy z klanu Morattich dał się poznać w kolejnych latach z dwóch stron - jako najbardziej rozrzutny prezydent europejskich klubów oraz jako najbardziej niecierpliwy. Za brak wyników po wydaniu setek milionów euro płacili trenerzy, których Moratti zmieniał jak rękawiczki. Pierwsze trofeum Inter Morattiego zdobył, kiedy do Mediolanu przeszedł najlepszy wówczas piłkarz na świecie - Ronaldo. Brazylijski napastnik prowadził “Nerazzurrich” do zwycięstwa z Pucharze UEFA w sezonie 1997/1998. I znów nastąpiło sześć lat posuchy w których Inter tylko dwa razy znajdował się na podium Serie A. Dopiero w 2005 roku, kiedy nikt w Mediolanie nie pamiętał już o Ronaldo gole strzelał inny Brazylijczyk, Adriano, a zespół prowadził Roberto Mancini, Inter zdobył Puchar Włoch pokonując w finałowym dwumeczu Romę. Rok później “Nerazzurri” powtórzyli sukces po ponownym zwycięstwie nad Romą. Ważniejszy był jednak czternasty tytuł mistrzowski. Po ujawnieniu gigantycznego skandalu korupcyjnego Juventus Turyn i Milan otrzymały tak duże kary punktowe, że tytuł przypadł trzeciemu w tabeli Interowi.

Stadionem, na którym zespół Interu Mediolan rozgrywa swoje mecze jest Stadion Giuseppe Meazzy o pojemności 85 700 miejsc. Jest to stadion miejski, więc na tym samym obiekcie rozgrywa swoje spotkania drugi mediolański klub - AC Milan.

Fani Interu należą do najbardziej znanych i najlepiej zorganizowanych w Europie. Pierwsze grupy, nazywane ultras - kibice tworzący na każdym meczu tak zwaną oprawę (flagi, race, konfetti, kartony, transparenty itp.) powstały w latach 60 XX w. Najbardziej znani są Boys San, którzy zostali założeni w 1969 roku - to jedna z najstarszych tego typu organizacji we Włoszech. Boys San uważani są za najważniejszą grupę na Curva Nord, czyli Północnym Zakolu stadionu San Siro. Na lewo od nich swoje miejsce mają fani grupy Viking, która powstała w 1984 roku i zasłynęła na jednym z meczów przygotowaniem największej flagi w historii klubu. Ich liczba szacowana jest na 8 milionów.